Man findet Algen insbesondere im Meer und im Süßwasser. Es gibt zahlreiche Klassifizierungen von unterschiedlichen Algenformen.
Im Wasser bilden Algen das Phytoplankton, den pflanzlichen Teil des Planktons. Auch das Phytobenthos, die Pflanzen der Gewässerböden, werden hauptsächlich durch Algen gebildet. Besonders groß sind die Laminarien (Kelp bzw. marine Braunalgen), die ausgedehnte Tangwälder in den Küstenbereichen der Meere bilden.
Insbesondere einzellige Algen gehen auch Symbiosen ein, zum Beispiel als Zooxanthellen in manchen Meerestieren, die dadurch unabhängig von äußerer Nahrungszufuhr werden oder einfach Tarnung erhalten.